Podemos diferenciar dos tipos de sistemas para alegar que no estamos de acuerdo con el valor de referencia.

Hemos de destacar que según el artículo 10 de la Ley del Impuesto sobre Transmisiones Patrimoniales, la base imponible estará constituida por el valor del bien transmitido o del derecho que se constituya o ceda pero, en caso de bienes inmuebles, su valor será el valor de referencia previsto en la normativa reguladora del catastro inmobiliario, a la fecha del devengo del impuesto.

Según el apartado tercero del artículo mencionado en el párrafo anterior, establece que el valor de referencia podrá ser impugnado. 

En primer lugar, esto ocurrirá cuando se recurra la liquidación que en su caso realice la Administración Tributaria, es decir, tendremos que esperar a la comprobación de valores y en su caso, si no estamos de acuerdo podremos interponer un recurso de reposición previa a la reclamación económica-administrativa (TA).   

En segundo lugar, cuando el interesado haya realizado la autoliquidación del impuesto  y considere que el valor de referencia ha perjudicado sus intereses legítimos, podrá presentar la solicitud  de rectificación de la autoliquidación, antes de que la Administración Tributaria la haya podido practicar.

Refiriéndonos a lo anterior (autoliquidación), el interesado podrá presentar las alegaciones que considere oportunas y necesarias (que no es un recurso) y la administración podrá acordar o denegar la rectificación. En caso de denegar la solicitud, el interesado podrá interponer un recurso de reposición previo a la reclamación económica-administrativa (TA).

Por lo tanto, si no está de acuerdo con el valor de referencia que se le ha asignado a su inmueble, tendrá que pagar el ITP que se le requiera para después presentar una rectificación a la Agencia Tributaria y demostrar con pruebas que el valor real de la vivienda es inferior al que se le atribuye. 

En consecuencia, el comprador al no estar de acuerdo, podrá rectificar la autoliquidación  y solicitar la devolución de ingresos indebidos.

En todo caso, cuando los obligados tributarios soliciten una rectificación de autoliquidación o interponga recurso contra la que haya podido practicar la Administración, ésta resolverá previo informe preceptivo y vinculante de la Dirección General del Catastro, que ratifique o corrija el citado valor, a la vista de la documentación aportada.

A modo de conclusión, podrá impugnar ante la Administración tributaria correspondiente, con ocasión de las rectificaciones de sus autoliquidaciones o de la presentación de recursos contra las liquidaciones que en su caso se practiquen. 

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